如果密教是一棵從豐富土壤生長出來、開枝散葉的大樹，那這豐富土壤包含著下述的諸多元素，在漫長的時間與特定條件因緣下，建立出密教體系的根苗花果。現在的密教乃至於無上密法，在華人社會都不是陌生的事，隨處可接觸帶著信眾的上師；花果人人喜歡，但是對於密教發展的起源根苗，做為佛弟子乃至於密法弟子往往一問三不知。密法究竟是來自大乘佛法，而大乘佛法也始自原始佛教，對於密法的修行者而言，了解密教發展史是聞思修上不可或缺的善知識。

真言

所謂的真言，即真實語。根據密教學者的研究，最早的來源可以追尋到阿含部裡的《鴦掘摩經》：

佛告指鬘：「汝便速往謂女人曰：『如指鬘言至誠不虛，從生已來未嘗殺生，審如是者，姊當尋生安隱無患。』即奉聖旨往到女所，如佛言曰：『如我至誠所言不虛，從生以來未曾殺生，審如是者，當令大姊安隱在產！』所言未竟，女尋娩軀兒亦獲安。」

佛要鴦掘摩羅對即將臨盆的婦女說出真實實話，來讓該婦女生順利。這種透過真言來成就一些世間的利益，早在佛陀時代就有紀錄；真言的力量來自「真實」、「符合事實」，並不帶有「讚嘆」的特性。

假想觀

另外一個密法修行很常見的法門，是觀想本尊，但這種觀想形體的方式，其實早在佛的時代就有了相關的修行，稱之為「勝解作意」。最有名的勝解作意是「不淨觀」，透過一系列的身體想像來瓦解對此身的執著。《大毘婆沙論》卷四十：「問此觀一切非骨瑣等為骨瑣等，寧非顛倒？答：『此是善故、如理作意所引生故、無貪善根為自性故、引生聖道勝加行故、伏煩惱故、感愛果故，雖不如實而非顛倒。」不淨觀的境界並不符合事實，所以稱為不能斬斷無明的勝解作意，但是它能夠暫時「伏煩惱」，所以稱為聖道的加行。

佛滅的象徵物

在佛滅之後，弟子們最早的憶念對象，是佛塔、菩提樹、腳印這些象徵物，因為在早期的律典中明確地強調不可以為佛陀造像。用這些象徵物來代表佛陀的不同事蹟，是佛陀的在家弟子們用來景仰佛陀最主要的方式，佛像的出現，是到佛滅後兩百年、公元前三世紀的犍陀羅文化開始的。用某種象徵物來代表佛的某種功德，導致後來諸佛菩薩各自擁有特別標誌作為代表，有直接的影響。假想觀結合象徵物，直接影響密法的有相禪修。

非求交換的供養行為

無論是在佛陀之前還是之後，都有各種宗教信仰會進行供養的行為。供養的行為可以分成外道的供養與佛教的供養兩種，外道的供養是一種「交換」，也就是向神獻上供品，以交換財富、長壽、受用等等。但在《大毘婆沙論》中有一段討論，談到只有「餓鬼」會接受祭祀，主要原因是天人道眾生並不需要人間的事物，只有餓鬼需要靠其他眾生的供養存活；而佛法的供養行為，如前所說，是對佛塔、菩提樹等象徵物進行供養，這些行為在具備六念處的動機之下，本身就是善法、可以產生福德的善果，並不是透過於交換的形式來成就世間願望的。

讚嘆行為進入佛教中

另外一種常見的供養行為是「讚嘆」，最早的形式來自其中的讚嘆包括：稱呼神的多種名字（隱義表達其多種功德）、讚嘆神的行為與事業、讚嘆神的願力與動機。佛教也出現了這種讚嘆文的傳統，包括念誦佛陀故事、佛陀過去世的行為來進行讚嘆，包括馬鳴、月官等大師都曾經寫下許多讚嘆文。這種讚嘆文是陀羅尼最早的形式，它帶有「總持神一切功德」的意涵，所以與真言不一樣的是，陀羅尼本來只是對本尊的讚嘆，後來漸漸發展出其他功用。

十方佛與淨土

佛滅之後另外一個關鍵的爭論是「十方佛」的思想，部派佛教主張過去至現在只有七佛，一個時間只有一個佛住世，但是大乘佛教的主要論師都反對這種主張，認為同一時間在不同的世界有許多尊佛住世。既然有十方佛，每尊佛就有各自的「淨土」，淨土是其福德圓滿成就的表現，這種淨土思想是後期密教中曼陀羅、無量宮等的原型。另外，十方諸佛由於都已經成就佛果、諸佛平等，所以它們的形象、無論是法身、報身或是勝化身都應當是沒有差異的，然而每一尊佛在一開始修行的時候發的願都不一樣，這種願望就是誓言不同的誓言導致他們的國土有所差異，譬如阿閦佛的世界有男人與女人、阿彌陀佛的世界則沒有男女的差別。

心淨則國土淨觀

在淨土思想出現後，更進一步被強調的是，淨土不是一個位在其他地方的世界，而是修行者自心清淨之後的投射。這種思想是密教中「淨觀」的雛形，最早來自《維摩詰經》：「佛告寶積菩薩：『是故，寶積！若菩薩欲得淨土，當淨其心，隨其心淨則佛土淨。』」另外，據說這段經文的原型是來自《阿含經》：「如佛所說：心垢故眾生垢，心淨故眾生淨。」自心清淨就能讓國土清淨、自心清淨就能見到諸佛的理論，對於密教的修行有重要的影響：密教中許多法門大都強調透過前行的禪定淨化行者，讓行者見到本尊，可以說是這種思想的影響。

〈普賢行願品〉

《華嚴經》中〈普賢行願品〉的章節，可以說是密教修行最重要的基礎，裡面包含幾個部分：

一、大乘勝解作意

如前所說，原始佛教的勝解作意以不淨觀為首，帶有調伏煩惱、導向解脫的作用。大乘佛教也有其勝解作意，或是說「觀想」的法門，這在〈普賢行願品〉裡有完整的紀錄：「復次，善男子！言廣修供養者：所有盡法界、虛空界十方三世一切佛剎極微塵中，一一各有一切世界極微塵數佛，一佛所種種菩薩海會圍遶，我以普賢行願力故，起深信解，現前知見，悉以上妙諸供養具而為供養。」
上述提到的「起深信解，現前知見」，就是觀想的表現：相對於原始佛教觀想不淨觀，行願品則主張觀想諸佛淨土，並在諸佛前進行普賢七支的供養，這種「觀想供養」的法門，很明顯是承繼了原始佛教的勝解作意、銜接了密教的本尊供養觀。

二、見佛修行

普賢行願品的所有修行，到最後的重點是往生極樂世界，《華嚴經》卷四十：「是人臨命終時，最後剎那一切諸根悉皆散壞⋯⋯唯此願王不相捨離，於一切時引導其前。一剎那中即得往生極樂世界，到已即見阿彌陀佛。」為什麼要往生極樂世界呢？主要的原因是大乘的修行太廣大，很容易退轉，在有佛住世的世界修行比較順利。這在《阿彌陀經》裡也有明確地紀錄：「其土眾生，常以清旦，各以衣祴盛眾妙華，供養他方十萬億佛，即以食時，還到本國，飯食經行。」又「又舍利弗。極樂國土，眾生生者，皆是阿鞞跋致，其中多有一生補處。」由此可見，追求親自聽佛說法、來進行大乘修行，是《華嚴經》系統的思想。此處的阿鞞跋致，也稱為無生法忍，有些人主張那是信地，但大部分都認為那是見道。總之，〈普賢行願品〉的這兩個特徵，是銜接《大日經》非常重要的根據。

 《華嚴經・四十二字觀品》

除了〈普賢行願品〉以外，《華嚴經》的四十二字觀也是很重要的一個章節。這個章節為梵文的每個音節都加上了一個含義：所以僅僅是念誦這些音節，就要與它的含意相呼應，《華嚴經》卷五十七：「時，彼童子告善財言：『善男子！我得菩薩解脫，名善知眾藝。我唱持入此解脫根本之字：唱阿字時，入般若波羅蜜門，名菩薩威德各別境界；唱羅字時，入般若波羅蜜門，名平等一味最上無邊；唱波字時，入般若波羅蜜門，名法界無異相；唱者字時，入般若波羅蜜門，名普輪斷差別。』」這樣的思想連接了文字與勝義的關係，為密教中的「種子字」理論打下基礎：每個種子字都有其道理，而這個道理又與某個本尊的精神相應，那這個種子字就成為了這個本尊的象徵。

唸誦佛菩薩名字呼應其誓願

如前所說，真言最早的型態是真實語；透過念誦某一段真理，或是某個人的承諾，來開展其力量。譬如說在南傳佛教，他們用來消除障礙的方式，是唸誦《護衛經》：某部《護衛經》裡記載了毘沙門天王向佛陀發誓要護持佛教的三昧耶，可見唸誦三昧耶或真實語，是最早的真言。
更進一步，不但護法們有其三昧耶，關於諸佛菩薩有其承諾誓願；而諸佛菩薩們是不會違背其誓願的。既然諸佛菩薩們的承諾誓願也是一種三昧耶，這也慢慢變成了一種真言：大部分的真言都是唸誦其剛開始發心時候的承諾誓願，或是唸誦其成就之後的名稱，往往比較少在描述其功德與事業。
由於諸佛菩薩們的承諾誓願除了成佛之外，一定也包括在修行菩薩道時，他們希望在世間利益眾生的方式，所以唸誦這些三昧耶自然也能滿足眾生們相對的世間需求。既然諸佛菩薩原本就有他們的承諾誓願，承諾誓願作為真實語的表現就是他們的名字，那念誦他們的名字作為真言就能與他們的承諾誓願呼應，滿足眾生的需求。例如從〈普門品〉中得知，唸誦觀世音菩薩名號，即受觀世音菩薩救度。

念誦陀羅尼呼應佛菩薩的誓願

同時，有許多原本是世間的神明，在經典上開始提到他們其實是發願的化現，譬如佛陀在世時，身旁的夜叉執金剛神在《大寶積經》中也提到，過去生是法意王子時，發願當佛的護法。執金剛作為密法的多聞持有者，相當於阿難的角色，他也就是後期密教中的金剛手菩薩，既然這些神明們是願力再來的菩薩，自然而然，它們原有的信仰方式、讚嘆與作法就被引進了佛教中。必須確定的是，這個階段應當稱之為「陀羅尼法門」：陀羅尼法門，可以視為透過讚嘆諸佛菩薩的化身，以請求他們不要忘記當年的承諾誓願來幫助佛弟子消除世間的問題，但並沒有透過這個法門追求出世間目標的特性。

 陀羅尼密教的出現

在吸收了世間神明的信仰後，佛教中開始出現大量的陀羅尼法門，但此仍不屬於密教的範疇，主要的作法包括：一、造壇城；二、持戒；三、持咒；四、結手印。

由於真言主要是在呼喚本尊的承諾誓願，而手印代表的就是本尊的印幟象徵他們承諾誓願成就之後各自的特色，所以持咒跟結印，就都是在與本尊的功德呼應，來滿足行者在世間的希求。目前最早知道的佛教陀羅尼經，是「摩登伽經」，而所有陀羅尼經的整理與總集，是《陀羅尼集經》，裡面明確記載了持誦陀羅尼、結印、建立曼陀羅的方式。而《陀羅尼集經》中建立曼陀羅的技巧，是《大日經》的雛形，也是一切密法建立曼陀羅最早的根源與最主要的方法和大綱。

要注意的是，雖然陀羅尼密教是「事部密續」的雛形，但是它與行部、事部都不一樣：

一、陀羅尼密教的關鍵是持咒、結印、持戒，並沒有本尊觀。

二、陀羅尼密教主要都以追求世間悉地為主。

此外，與之後出現的《大日經》等純密經典相比，陀羅尼密教主要的教主都是釋迦如來、而不是毘盧遮那佛。