四部密續分類的建立

早在印度即有密法的分類思想，但不夠具體，直到藏傳佛教布敦巴大師寫了很多整理性的著作，例如在大師之前藏傳佛法較為缺少《大藏經》的概念，直到大師開始編纂《大藏經》，並且寫下目錄簡序，正式確立四部密續的分類。中文大正藏是用部來分類，布敦巴大師對密法的編纂分類，也認為可以針對其內容的差異，分為四部，布敦巴大師因此還寫下廣中略的分類說明，後來的祖師們也就沿用這樣的四部分類法。

藏傳佛法認為，殊勝法門的位階，是以無上瑜珈為上，次為瑜珈部，再來是行部，最後是事部，且在藏傳《大藏經》中，無上瑜珈占了百分之八十的篇幅，其餘三部則只占百分之二十；無上瑜珈特有的修持法獨立，下三部密續是為一組的分類方式，是現代主要的分類法：

事部密續：根本經通續說有四部經典

《蕤呬耶經》：最初階，內容以壇城地怎麼選、如何畫之類的內容。
《蘇婆呼童子請問經》：第二階，談行者的條件與訓練。
《蘇悉地經》：第三階，談作法的內容。
《後靜慮續》：第四階，談禪修技巧；因此經屬於某一文獻經典的附錄，所以冠上後字。

這四部經典講的主題都不一樣，後靜慮續談禪修技巧「四真如」，最為關鍵；即便是無上瑜珈，也是以四真如為架構，再加上一些變化，禪定操作雖然有空間，但不逾越四真如。

例如不動如來實修營的儀軌，即是以這四續為素材，來組成不動佛儀軌，但儀軌作者阿底峽尊者，是以事部的四真如為主架構，本尊真如補充兩段來自《大日經》行部技巧。（可由編纂儀軌，體現大師對經續的態度看法。）

行部密續：根本經屬《大日經》

瑜珈部密續：根本經屬《金剛頂經》

無上瑜珈部密續：密續第一部──密集金剛或稱秘密集會

其有非常詳細的法門解說，包括氣脈明點運身操作；格魯派開創者宗喀巴大師盛讚此部密續，可以說是密續典型的代表。

《大日經》的出現

《大日經》公認為第一部正式的密教經典，其中明確提到透過修行密教法門成就佛果的方式，可以說是第一部整理出「密教成佛論」的典籍；根據現代學者研究，《大日經》的雛形來自東印度，後來漸漸傳入那爛陀寺：最早將《大日經》翻譯為其他語言的，是曾經在那爛陀讀書的善無畏大師，據說他曾經跟護法大師學習密教。《大日經》明確提出密法的修行觀：「菩提心為因、大悲為根本、方便為究竟。」與陀羅尼密教相比，《大日經》有可能是最早明確地提出了本尊觀想的理論，裡面還有〈本尊三昧品〉、〈悉地真如品〉等等內容，都描述了本尊觀的思想。其本尊觀以三密相應、種三尊的方式表現。

《大日經》本尊觀的要素：三密相應與種三尊

在結合了之前〈密教史｜密教發展的背景〉提到的勝解作意、華嚴四十二字觀的種子字與本尊承諾誓願的印幟之後，出現的就是《大日經》的三密相應理論；所謂的三密相應，就是身、語、意三門的相應，三尊則為種子字、三昧耶、尊形。

從本尊觀的角度來看

本尊身：形體
本尊語：種子字
本尊意：印幟

從行者的角度來看

本尊身：本尊觀
本尊語：持咒
本尊意：結印

從理論上來看，與本尊的身語意特質相呼應，是讓行者進入「本尊瑜珈」的方式，這樣的修行能夠讓行者快速與本尊相應。從行者的角度來看，這種瑜珈的修行明顯是一種「勝解作意」、一種「三摩地」的修行，可以說禪定的訓練，但光是這個修行本身，並不能導向解脫。那麼，與本尊相應的目的是什麼呢？這要銜接之前《華嚴經・普賢行願品》的修行，最終導向「見佛修行」來討論。

行部與事部的前後關係

行部與事部之間，雖然按照藏地的資料有上部與下部的關係，但是根據歷史與學術研究，並沒有絕對先後關係；應該說，陀羅尼密教重視持戒、持咒、結印、壇城的這些方式，在《大日經》「本尊觀」、「三密相應」、「世間出世間兩種修法」的架構之後，出現了行部瑜伽。

行部瑜伽的這種體系影響陀羅尼密教也開展出自己的本尊觀，這就是所謂的行部瑜伽。單純以陀羅尼密教視為事部是不智的，關鍵原因在於陀羅尼密教並不強調本尊觀，但是事部密教是強調的：事部密教的四個通續，四部密續裡面的後靜慮續就是明確的根據。

陀羅尼密教與事部的差異

陀羅尼密教的重點是在持咒與供養，並不重視勝解作意的修持。不但如此，陀羅尼密法在進行供養時，講究供品的規則，但並不會以真言加持供品，而事部密續則明顯會以真言加持供品，這應該是受到《大日經》「虛空藏」加持的概念影響。另外一個很大的差異，在於持誦方式，陀羅尼密法比較傾向發出聲音唸誦咒語，而事部瑜伽更強調意持誦。

陀羅尼密教與事部密法最大的共通點，在於都已追求世間悉地作為第一個目標，而不是直接從出世間法門或是無相三昧上下手。